警察官を殺し、捕らえられた不良少女ニキータは、このまま死ぬか、国家機密の殺し屋として生まれ変わるか、という過酷な選択を迫られる。生きる道を選んだ彼女は、3年間の猛特訓の末、プロの殺し屋に成長。しかし、無情にも愛する人と幸せな日々を望むニキータは、自分は殺し屋だということを伝えられず…。